Vzhledem ke své poloze je obec Dolní Beřkovice zasažena při každé povodni na Labi dosahující alespoň úrovně Q20. V nedávné historii se tudíž musela obec vypořádat s rozsáhlými škodami při povodních v letech 2002 a 2013. Zejména bezprecedentní povodeň v roce 2002 přinesla zatopení většiny území obce.
V roce 2002 byla zaplavena většina řešeného území a průtok v Labi dosahoval hodnoty cca Q500. V místní části Vliněves zůstala nezaplavena jen malá oblast v okolí jedné ulice a hřbitov. Voda proudila propustkem i za železniční trať spojující Kralupy nad Vltavou a Roudnici nad Labem. Voda dále zaplavila celou místní část Dolní Beřkovice včetně zástavby rodinných domů nacházejících se dále od řeky směrem k železniční stanici. Nezaplavena zůstala pouze část Nerudovy ulice a část nemovitostí v blízkosti ulice Svatopluka Čecha, blízké okolí železniční stanice a 3 další menší lokality. Nezaplavena zůstala také místní část Podvlčí. Po opadnutí povodně musela být odčerpána voda z bezodtoké laguny, která se vytvořila kolem fotbalového hřiště.
Co se týká zásobování obce pitnou vodou, tak hlavní přivaděč vedoucí z pravého břehu Labe z vodojemu Vehlovice poškozen nebyl. Byly zaplaveny pouze armatury z obou stran mostu, dodávky pitné vody však byly po povodních obnoveny bez nutnosti výrazných oprav.
Na dešťové kanalizaci došlo po povodních k několika propadům, a to konkrétně poblíž zámku. Dále bylo při povodni nutné odstavit všechny trafostanice v Dolních Beřkovicích a Vliněvsi (dle vyjádření správce veřejného osvětlení) a byla tak přerušena dodávka elektrické energie v těchto částech obce.
V červnu 2013 byla hladina při kulminaci povodně o cca 130 cm níže než v roce 2002. Byla zaplavena náves ve Vliněvsi a budovy mezi návsí a korytem Labe. V Dolních Beřkovicích byla zaplavena část zámeckého parku, část Mělnické, Počapelské, Zahradní a Nádražní ulice. Zcela zaplavená byla ulice Labská, Náměstí Míru, Klášterní, U Přívozu a Dolní Hájek. Dále byly zaplaveny i objekty státního podniku Povodí Labe nacházející se v blízkosti zdymadla Dolní Beřkovice. Povodeň z roku 2013 zaplavila menší území než je rozliv povodně Q100.
Povodeň v roce 2013 způsobila ve Vliněvsi menší rozsah zaplavení než v Dolních Beřkovicích. Ve Vliněvsi je totiž zástavba vyvýšena nad korytem Labe. Kolem cyklostezky vedoucí přímo podél řeky jsou vystavěny opěrné zdi, zástavba je až nad nimi. Mezi jednotlivými úseky opěrných zdí je několik sjezdů vedoucích na cyklostezku u Labe. V Dolních Beřkovicích, zejména v severní části není převýšení terénu v zastavěné části nad korytem Labe tak významné a terén od řeky stoupá jen velmi pozvolna.
Při povodni v roce 2013 nemusely být odpojeny žádné trafostanice v obci, byly odpojovány pouze jednotlivé přípojkové skříně k nemovitostem, a to např. v ulici Zahradní a Labská. Po opadnutí povodně byly provedeny prohrábky v korytě Labe, a to z důvodu odstranění nánosů a zprůchodnění plavební cesty. Byly vyčištěny úseky o celkové délce cca 850 m a odtěženo bylo zhruba 14310 m3 materiálu (dle informací od Povodí Labe, s.p.).
Obrázek 22 až 25: Zatopené Dolní Beřkovice během povodně v roce 2013