Vzhledem ke své poloze je obec Dolní Beřkovice zasažena při každé povodni na Labi dosahující alespoň úrovně Q20. V nedávné historii se tudíž musela obec vypořádat s rozsáhlými škodami při povodních v letech 2002 a 2013. Zejména bezprecedentní povodeň v roce 2002 přinesla zatopení většiny území obce.
V roce 2002 byla zaplavena většina řešeného území a průtok v Labi dosahoval hodnoty cca Q500. V místní části Vliněves zůstala nezaplavena jen malá oblast v okolí jedné ulice a hřbitov. Voda proudila propustkem i za železniční trať spojující Kralupy nad Vltavou a Roudnici nad Labem. Voda dále zaplavila celou místní část Dolní Beřkovice včetně zástavby rodinných domů nacházejících se dále od řeky směrem k železniční stanici. Nezaplavena zůstala pouze část Nerudovy ulice a část nemovitostí v blízkosti ulice Svatopluka Čecha, blízké okolí železniční stanice a 3 další menší lokality. Nezaplavena zůstala také místní část Podvlčí. Po opadnutí povodně musela být odčerpána voda z bezodtoké laguny, která se vytvořila kolem fotbalového hřiště.
Co se týká zásobování obce pitnou vodou, tak hlavní přivaděč vedoucí z pravého břehu Labe z vodojemu Vehlovice poškozen nebyl. Byly zaplaveny pouze armatury z obou stran mostu, dodávky pitné vody však byly po povodních obnoveny bez nutnosti výrazných oprav.
Na dešťové kanalizaci došlo po povodních k několika propadům, a to konkrétně poblíž zámku. Dále bylo při povodni nutné odstavit všechny trafostanice v Dolních Beřkovicích a Vliněvsi (dle vyjádření správce veřejného osvětlení) a byla tak přerušena dodávka elektrické energie v těchto částech obce.