Dolní Beřkovice jsou rozloženy levobřežně podél toku řeky Labe.
Te je nejvýznamnějším vodním tokem na území obce. Je současně nejvodnatější[1] řekou v České republice. Dalším pojmenovaným vodním tokem je Hořínský potok, který se krátce po svém vstupu do obce vlévá do Labe. Žádné jiné významné vodní toky do území obce nezasahují, Je zde ještě několik drobných nepojmenovaných toků, které, obdobně jako Hořínský potok, nemají stanoveno záplavové území. Významný vliv na stav vodní hladiny Labe v Dolních Beřkovicích má hlavně řeka Vltava, která se do Labe vlévá pod obcí v nedalekém Mělníku.
[1] Vodnost řeky odpovídá velikosti dlouhodobého průměrného průtoku daného toku.
Letní hydrologický režim
Nebezpečí hrozí částečně také z letních přívalových nebo déletrvajících stacionárních srážek v horním povodí Labe a z jarního tání v prameništích Labe a Vltavy.
Zimní hydrologický režim
Ledové jevy, které by ohrožovaly obec Dolní Beřkovice se ve významnější míře nevyskytují. Pokud by došlo k zalednění na Labii, je tento jev výrazně omezen šířkou koryta Labe, kdy k nápěchům nemůže na řídce rozmístěných mostech docházet. Na druhé straně ovšem hrozí významné zvýšení hladin při jarním tání sněhové pokrývky doprovázeném dešťovými srážkami.
Mapa vodních toků na katastru obce